יש לנקות ולחטא את אזורי העבודה בחדר הניתוח מדי יום, ולנקות ולחטא היטב מיד לאחר כל ניתוח.
1. יומי: כל סביבת חדר הניתוח דורשת ניקיון וחיטוי מקיפים מדי יום, לרבות רצפות, קירות, משטחי ציוד ופריטים שנוגעים בהם לעיתים קרובות. ישנם בתי חולים שמקצים צוות ניקיון ייעודי לביצוע תהליך זה לאחר כל יום ניתוחים.
2. לאחר כל ניתוח: לאחר כל ניתוח יש לנקות את שולחן הניתוחים וסביבתו באופן יסודי ולחטא מיד. זה כולל ניגוב של כל המשטחים שייתכן שבאו במגע עם דם, נוזלי גוף או מזהמים פוטנציאליים באמצעות חומר חיטוי מתאים. תהליך זה מבטיח שהניתוח הבא יבוצע בסביבה סטרילית, ובכך מפחית את הסיכון לזיהום.
3. ניקוי עמוק קבוע: נדרש גם ניקוי עמוק חודשי או רבעוני לחדר הניתוח. זה כולל בדרך כלל שלבי חיטוי מפורטים יותר, כגון טיפול במערכות סינון אוויר וגופי תאורה, שקשה לנקות, כדי להבטיח סביבה סטרילית-לטווח ארוך.